本文来自我在知乎的一个回答，题目是：

(资料图片仅供参考)

回答：

并没有高深的思想，有很多的阴谋和阳谋，而且从头至尾所有角色都在讲述背叛和反叛的故事。

以下回答只适用《新世纪福音战士》TV版和旧剧场版

EVA的阳谋：

一个叫做SEELE的组织将这个世界的力量联合起来，阻止人类毁灭最后失败。

EVA的阴谋：

一个叫做Seele 的地下组织，通过偷偷研究《死海古卷》发现亚当和使徒这一外星生物，同时发现人类的始祖是叫“莉莉丝”的外星生物。《死海古卷》的预言开始一一实现，人类灭亡无法避免，于是SEELE利用人类的技术，克隆操控亚当，制造出叫做EVA的使徒战士，由人类驾驶，利用使徒的力量击败使徒之后，将人类升华。

Seele 剧本

对比使徒人类太弱小了，而且人类有太多无法改变的问题，于是人类的历史就是战争时，所以SEELE组织计划利用使徒的力量战胜使徒，最终莉莉丝的能力让所有人类摆脱肉体，重回生命海洋，每个人都以灵魂的状态永生。

碇源堂的剧本是在开启人类补全的时候手握关键补全条件，让自己成为升华之新生命，也就是自己成神，最后复活碇唯。成神是手段，复活碇唯是目的。

冬月副司令本来是大学老师，他在第二次冲击之后自己寻找资料发现光之巨人亚当是真的，而且此事跟碇源堂和那次南极调查有直接关系，于是他搜集资料意图逼宫让碇源堂说出所有秘密，可是冬月没想到碇源堂主动招供，还带他参观地下实验室的所有秘密，冬月才明白人类即将遭遇毁灭。为了保护自己保护人类，他也加入屈尊人下，当碇源堂的副手。他表面的目的和NERV一样，击杀所有使徒保护人类，第二层目的是帮碇源堂秘密反叛SEELE，消灭使徒之后让碇源堂成为最后跟莉莉丝结合，最终成神。第三层目的是在碇源堂的计划之上，利用碇唯灵魂和碇真嗣的意志夺取最后成神决定权。本来碇源堂就是偷取SEELE的成果，冬月却要想尽办法让碇真嗣再次偷走碇源堂的成果，反叛中的反叛，阴谋家里的阴谋家。

碇唯是对SEELE剧本了解最清楚的人，她知道人类必定要灭亡，使徒要灭亡人类；SEELE的计划也是杀死所有使徒之后，让人类一整个升华。所以她找到冬月副司令，将实情相告。两人一起执行一项长期计划，然后碇唯自愿献祭灵魂进入初号机，等待2015年使徒出现，儿子碇真嗣坐上初号机的那一刻。人类是否能看见明天太阳的决定权由碇唯交到碇真嗣的手中。

葛城美里最初的剧本是

跟随NERV一起消灭所有使徒，保卫人类。但加持良知的情报让她发现这么简单，于是她持枪威胁赤木律子发现绫波丽傀儡系统。她终于明白SEELE在背后的目的并不简单。于是她竭尽全力保护碇真嗣和明日香，必须让碇真嗣重新坐上初号机阻止SEELE的量产机进攻，阻止第三次冲击，拯救人类。

但葛城美里这个人有那么点纠结型人格，她在生命的最后也不确定把碇真嗣重新推进初号机里是否绝对正确，所以她才会仿佛和天堂里的加持良治对话：“加持君，我这样做对么？”

赤木律子的剧本

是全心全意跟着碇源堂司令击败使徒，获取最终胜利之后跟碇源堂结婚过上二人世界的幸福小日子。可谁知她完全没能得到碇源堂的心，而且碇源堂把绫波丽当成碇唯的替代品，原律子只不过是碇源堂排遣寂寞的玩物。NERV总部MAGI遭到网络攻击，赤木律子不光抵御了网络进攻还修改基地自爆程序，她打算把NERV里的一切炸个粉碎，所有人都陪她上天堂。

她失败了，她被爱人碇源堂杀死。

加持良治

表面上是SEELE下属组织的一员，但他其实早就听命于碇源堂，他将亚当胚胎偷出来运送给碇源堂。但是加持良知并不知道完整的剧本，也不清楚NERV总部里藏的到底是什么，所以他要带着亚当胚胎当投名状接近NERV的核心机密。他真心服务，真正的身份其实是日本政府内务府调查部。在发现人类补完计划的真相之后，他把信息藏在一颗小胶囊内，再一次欢好中交给葛城美里，加持良治知道自己的身份即将败露难逃一死，但外力恐怕难以破坏最后的人类毁灭，他把希望寄托给葛城美里。

碇真嗣的剧本

是听爸爸的话驾驶EVA打怪兽，然后听妈妈的话坐进初号机造神，最后终于听从自己的主见，与世界和解，终止人类补完仪式。

绫波丽的剧本

是完全遵从碇司令的命令，但是在跟碇真嗣的相处之中她逐渐发现“自我存在”和“我存在的目的”，发现自己喜欢碇真嗣，希望和碇真嗣在一起的真心。第三绫波丽更为大胆直接还原莉莉丝本源力量，背叛碇源堂夺走亚当胚胎，重回莉莉丝本体和初号机开启人类补完仪式。

明日香的剧本

是成为最优秀的EVA驾驶员，但是在日本NERV的战斗中她慢慢失去原来的优势，感情也没有着落，她的情绪越来越糟糕只能随波逐流任强大的力量任意摆布，最终被选作人类新世纪的福音，成为新的夏娃。

渚薰

作为最终使徒的剧本是在SEELE的协助之下抵达第三新东京市，用强大的武力摧毁防御抵达亚当面前，完成使徒回归亚当，开启第三次冲击抹杀“李林”在地球重新创造新生命。但他抵达最终教条莉莉丝面前时发现并不是亚当，而是莉莉丝，他拒绝和莉莉丝融合，背叛一直欺骗自己的SEELE。

渚薰决定将生的希望还给碇真嗣，因为有碇真嗣“李林”就能继续活下去，他选择死在真嗣手里。

绫波丽背叛了碇源堂

冬月耕造和碇唯背叛了碇源堂

葛城美里、赤木律子、加持良治背叛了碇源堂

碇源堂、渚薰和上面所有人一起都背叛了Seele

Seele 背叛了李林（人类）

背叛，多快乐！

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